Eles encontram falhas na teoria, mas continuam acreditando na evolução.

Noble critica a visão gene-cêntrica do neo-darwinismo. Para ele, redes fisiológicas, ambiente, epigenética e interações em vários níveis tornam insuficiente a ideia de que genes ocupam uma posição causal privilegiada.

Müller argumenta que a Síntese Moderna deixou de fora processos importantes como desenvolvimento, plasticidade fenotípica, construção de nicho e mecanismos de geração de novidade biológica.

Shapiro descreve células como participantes ativos na reorganização do genoma e trabalha com a ideia de “engenharia genética natural”. Isso contrasta com versões simplificadas em que toda inovação genética aparece apenas como uma sequência de pequenas mudanças aleatórias.

Laland e outros pesquisadores defenderam que a teoria evolutiva precisava levar mais a sério processos como construção de nicho, plasticidade, desenvolvimento e formas de herança que não cabem bem no quadro clássico da Síntese Moderna.

Jablonka mostra que hereditariedade não se resume à sequência do DNA. Sistemas epigenéticos podem transmitir estados e respostas entre gerações, ampliando o que precisa ser considerado em uma teoria da evolução.